Theses

PhD Theses
17. Kröger, T.
Assay development and optimization for the validation and quantification of NHR2 tetramerization inhibitors and prediction of the binding mode.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2018.
16. Pagani, G.
Linking structure and dynamics of integrin αIIbβ3 to its biological function via molecular dynamics simulations and free energy calculations.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2018.
15. Saini, J.
Structural and dynamic insights into oxazolidinone binding, selectivity and resistance to the large ribosomal subunit.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2018.
14. Ciupka, B.D.
Functional state modulation in PPDK connected to long-range structural coupling and multimerization.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2017.
13. Gertzen, C.
Integrative modeling to determine the activity, molecular recognition, and membrane trafficking of the G-protein coupled bile acid receptor TG.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2016.
12. Hanke, C.
Conformational dynamics of the ligand-free state of a riboswitch investigated by molecular simulations.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2016.
11. Ben-Shalom, I.Y.
Approximate and efficient prediction of entropy changes upon complex formation.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2016.
10. Ciglia, E.
Inhibiting protein-protein interactions in Hsp90 dimerization as a novel approach for targeting cancer.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2015.
9. Pfleger, C.
Ensemble-based framework for analyzing dynamically dominated allostery.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2014.
8. Rathi, P.C.
Development of computational approaches for knowledge-driven protein engineering aimed at improving thermostability.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2014.
7. Metz, A.
Predicting and exploiting the determinants of protein/protein interactions to identify low-molecular weight inhibitors of RUNX1-ETO tetramerization.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2014.
6. Kazemi, S.
Entwicklung eines Docking-Verfahrens zur Berücksichtigung der Liganden- und Protein-Flexibilität durch einen elastischen Potentialgitter-Ansatz.
Goethe-University, Frankfurt, 2014.
5. Krüger, D.
Computational knowledge-based prediction of protein-protein recognition.
Heinrich-Heine-University, Düsseldorf, 2014.
4. Radestock, S.
Entwicklung eines rechnerischen Verfahrens zur Simulation der thermischen Entfaltung von Proteinen und zur Untersuchung ihrer Thermostabilitaet.
Goethe University, Frankfurt am Main, 2010.
3.
Fulle, S.
Constraint counting on RNA and ribosomal structures: Linking flexibility and function.
Goethe University, Frankfurt am Main, 2010.
2. Gonzalez-Ruiz, D.
QCSPScore: a new scoring function for driving protein-ligand docking with quantitative chemical shift perturbations.
Goethe University, Frankfurt am Main, 2009.
1. Ahmed, A.
Development of a normal mode-based geometric simulation approach for investigating the intrinsic mobility of proteins.
Goethe University, Frankfurt am Main, 2009.

Diploma / Master / Bachelor Theses
28.
Brack, J.-K.
Untersuchung des agonistischen Effekts nativer Liganden auf TGR5 mittels Rigiditätsanalyse
Martin-Luther-Universität, Halle-Wittenberg, 2018.
27. Dittrich, J.
Converging a knowledge-based scoring function: DrugScore2017
Hochschule Niederrhein, Krefeld, 2018.
   
26. Eichler, I.
Lipid translocation by multidrug resistance protein 3
Martin-Luther-Universität, Halle-Wittenberg, 2017.
25. Ouald Chaib, A.
Directed evolution and sequence-function relationships of P450 catalyzed non-natural carbene and nitrene transfer reactions
Heinrich-Heine-Universität, Düsseldorf, 2017. (Exp. work performed at Caltech, CA, USA)
24. Waeschenbach, L.
Configurational free energy calculations of GPCR dimerization
Heinrich-Heine-Universität, Düsseldorf, 2017.
23. Loschwitz, J.
Molekulardynamik-Simulationen freier Ligandendiffusion zur Bindemodenvorhersage von Protein-Protein-Interaktions-Modulatoren
Heinrich-Heine-Universität, Düsseldorf, 2017.
   
22. Nutschel, C.
Large-scale analysis of protein thermostability: Bacillus subtilis lipase A as a test case
Heinrich-Heine-Universität, Düsseldorf, 2016.
21. Wolf, S.
Development of a meta-tool for protein domain prediction
Heinrich-Heine-Universität, Düsseldorf, 2016.
20. Ludwig, R.
Binding site comparison using deep neural networks
Heinrich-Heine-Universität, Düsseldorf, 2016.
   
19. Hermans, S.M.A.
Detecting unexplored allosteric pockets to identify novel drug targets
Radboud University Nijmegen, The Netherlands, 2015.
   
18. Thota, S.S.N.K.
Investigation of the thermostability of bacterial laccases based on their 3D structures
Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität, Bonn, 2013.
   
17. Gertzen, C.G.W.
Struktur-Aktivitätsbeziehungen von P2Y11-Antagonisten
Christian-Albrechts-Universität, Kiel, 2012.
   
16. Sundrashekaran, P.
Evaluating the quality of homology models using flexibility conservation within a protein superfamily as a measure.
Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität, Bonn, 2010.
   
15. Grimme, D.
Identifizierung und Charakterisierung krankheitsrelevanter Protein-Komplexe, die sich potentiell für eine Inhibierung durch Helix-Mimetika eignen.
Goethe Universität, Frankfurt am Main, 2009.
14. Dejung, M.
Entwicklung eines erweiterbaren Webinterfaces mit Web 2.0 Technologien fur die Binding Interface (BIF) - Datenbank.
Goethe Universität, Frankfurt am Main, 2009.
   
13. Bergs, J.
Entwicklung eines voll-flexiblen Ansatzes zum RNA-Ligand-Docking.
Goethe Universität, Frankfurt am Main, 2008.
   
12. Krüger, D.M.
Evaluierung eines voll-flexiblen Protein-Ligand-Dockingverfahrens.
Fachhochschule Oldenburg/Ostfriesland/Wilhelmshaven, Standort Emden, 2007.
11. Pfleger, C.
Untersuchung der Verformbarkeit von Protein-Protien-Epitopen anhand von Computersimulationen.
Fachhochschule, Bingen, 2007.
   
10. Kopitz, H.
Stabilitätsuntersuchungen des Transkriptions-Proteinitiationskomplexes von H. volcanii.
Goethe Universität, Frankfurt am Main, 2006.
9. Metz, A.
Entwicklung eines Hybrid-Modells der Solvation für MM-PB/SA Berechnungen.
Goethe Universität, Frankfurt am Main, 2006.
8. Fulle, S.
Moleküldynamiksimulationen des ribosomalen Tunnels.
Goethe Universität, Frankfurt am Main, 2006.
7. Wendel, C.
Strukturvorhersage von Transmembranhelixpaaren.
Goethe Universität, Frankfurt am Main, 2006.
6. Schmidt, E.
Allosterische Regulation durch Rigiditätsperkolation.
Goethe Universität, Frankfurt am Main, 2006.
   
5. Kazemi, S.
Einbeziehung von Rezeptorflexibilität in Protein-Ligand-Dockingverfahren.
Goethe Universität, Frankfurt am Main, 2005.
4. Pfeffer, P.
Entwicklung einer Bewertungsfunktion zur Vorhersage von RNA-Ligand-Wechselwirkungen.
Goethe Universität, Frankfurt am Main, 2005.
3. Radestock, S.
Molekulardynamiksimulationen zur Untersuchung ungefalteter Proteinzustände.
Goethe Universität, Frankfurt am Main, 2005.
2. Breu, B.
Entwicklung einer Consensus-AFMoC-Methode zur Einbeziehung von konformationeller Flexibilität von Rezeptor- und Ligandenstrukturen in Bindeaffinitätsvorhersagen.
Fachhochschule, Bingen, 2005.
1. Ahmed, A.
Rigid Cluster Normal Mode Analysis for multi-scale modelling of macromolecular conformational changes.
Chalmers University of Technology, Goteborg, Sweden, 2005.